A Paróquia de São Francisco Xavier foi criada em 25 de Março de 1959 por decreto canónico do então Cardeal Patriarca de Lisboa, D. Manuel Gonçalves Cerejeira, mas manteve-se integrada em Santa Maria de Belém até 1990, embora a partir de 1980 existisse uma Comissão de Leigos.
Na altura a criação da paróquia foi justificada com a necessidade de haver uma “conveniente correspondência entre as freguesias civis e as paróquias religiosas”, face à nova divisão administrativa de Lisboa.
O texto do decreto definia os limites da nova Paróquia, mas estipulava que “fica provisoriamente anexa à de Santa Maria de Belém”. Este “provisoriamente” perdurou até 3 de Dezembro de 1980 (dia do Padroeiro), data em que um documento assinado por D. Albino Cleto, então Bispo Auxiliar de Lisboa, nomeia uma Comissão de Leigos, orientada pelo Pároco de Belém na época, Pe. Henrique Canas. Integravam a comissão, além do Pe. Canas, o Dr. Henrique Carvalho Costa, Dr. António Gonçalves Lourenço, Arq. José Nicolau Tudela, Eng. Adelino Bela Morais e Maria Ana Allen Themudo.
Uma das primeiras decisões da Comissão de Leigos foi a de que os ofertórios dos primeiros domingos de cada mês nas missas na Paróquia de Santa Maria de Belém seriam para São Francisco Xavier, com o objectivo de começar a arranjar fundos para a nova Paróquia. Realizou-se nesse ano pela primeira vez uma Venda de Natal, que ainda hoje perdura, sendo a mais antiga das iniciativas criadas para angariar fundos para a edificação da Igreja Paroquial.
A primeira Igreja e o primeiro pároco efectivo
Sob a orientação de D. Albino Cleto, foi construído um pré-fabricado para servir como sede da Paróquia. A 3 de Dezembro de 1989, na Festa do Padroeiro da Paróquia, foi feita a sagração do templo, tendo sido fornecidas pelo Bispo algumas normas enquanto não fosse designado um Pároco.
A única actividade religiosa que então se realizava era a reza diária do terço, orientada por um grupo de paroquianos. Pouco tempo depois, a Paróquia recebeu como responsável interino o Pe. Mário Pires, missionário espiritano, tendo nessa altura começado a celebração regular da missa dominical e o serviço pastoral da Catequese.
A actividade deste sacerdote foi muito importante para o desenvolvimento de um espírito de comunidade paroquial, que conheceu um novo impulso com a chegada, em 1990, do primeiro Pároco efectivo: o Pe. José Andrade, natural de Goa, pertencente ao clero dessa Arquidiocese.
A posse ocorreu no dia 10 de Agosto de 1990 numa concelebração solene, na Capela do Externato do Colégio de São José das Irmãs Dominicanas.
Muito dedicado e amigo, o Pe. José Andrade trabalhou incansavelmente na construção da comunidade paroquial, mas por razões de saúde acabou por ter de se afastar em finais de 1991.
A chegada do Pe. António Colimão
A 21 de Novembro de 1991 o Patriarcado incumbiu o Pe. António de Oliveira Colimão, Prior da Cruz Quebrada e Dafundo, de tomar conta da comunidade de São Francisco Xavier durante o período de convalescença do Pároco.
Dois anos depois, a 23 de Setembro de 1993, o Cardeal Patriarca de então, D. António Ribeiro, nomeou-o como Pároco efectivo de São Francisco Xavier, tendo a posse decorrido numa missa concelebrada, no Salão da Escola Primária nº 30, no Restelo. O Pe. Andrade, dado o seu estado de saúde, passou a desempenhar as funções de coadjutor.
Desde essa altura o Pe. Colimão desenvolveu esforços para arrancar com o projecto da Nova Igreja, um sonho de muitos anos desta comunidade, que se concretizou a 03 de Dezembro de 2011: após longos e difíceis anos, o novo templo foi benzido pelo Cardeal Patriarca de Lisboa, D. José Policarpo.
Finalmente, a 01 de Outubro de 2012, quase um ano depois, foi possível transferir toda a actividade da Paróquia para as novas instalações.
A doença do Pe. António Colimão e sua substituição
O Pe. António Colimão teve um primeiro problema de saúde em Janeiro de 2015, tendo sido internado de urgência no Hospital de Santa Cruz, onde foi submetido a um cateterismo.
Durante a sua ausência, por alguns meses, foi substituído temporariamente pelo Pe. Valter Malaquias, prior de Santos-o-Velho e de S. Francisco de Paula, a pedido de D. Joaquim Mendes, bispo auxiliar de Lisboa, responsável pela Vigararia III. a que pertence a Paróquia de São Francisco Xavier.
Cerca de um ano depois, a 14 de Fevereiro de 2016, o Pe. Colimão foi de novo internado, no Hospital de São Francisco Xavier. A gravidade do seu estado de saúde levou o Patriarca de Lisboa, D. Manuel Clemente, a nomear o Pe. Valter Malaquias como Administrador Paroquial, a 03 de Março de 2016.
O Pe. Colimão teve alta a 11 de Março, mas no dia 01 de Julho voltou a ser internado, tendo sido submetido a nova intervenção cirúrgica.
Face ao estado debilitado do Pe. Colimão, o Patriarca nomeou, a 16 de Julho de 2016, o Cónego José Manuel Santos Ferreira como novo Prior de São Francisco Xavier, mantendo-se como pároco de Santa Maria de Belém.
Na mesma data foi nomeado Vigário Paroquial (coadjutor) o Pe. Marcos Martins, ordenado em 26 de Junho de 2016.
A posse foi conferida por D. Joaquim Mendes a 11 de Setembro de 2016, na Missa das 18h30, na Igreja Paroquial.
O Pe. Colimão continua a colaborar na Paróquia, concelebrando em algumas missas.
